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Oni(RS) technologies

Daodan-Chrysalis

Explanation attempt of the biological dimension

Finally wrote some “technobabble” lines that seem to provide a solid basis but also allow different interpretations. Paradox-01 18:28, 9 July 2010 (UTC)


The Daodan Chrysalis (short: Daodan) produces “fitting mutations”. Only that way, the same damage source won't be dangerous again in the future.

Thus the type of damage becomes analyzed and therefore the Daodan requires a sensor system.

In nature, “higher lifeforms” evolved by following – among other concepts – specialization and socialization. Those find their expression on one hand in different cell types – therefore multicellular organism – and on other hand in all kinds of symbiosis. So, for a hyperevolved organism, it wound be understandable if it work more intensely by those concepts.

A body realizes damage or harmful influences by stimuli. To detect all kind of stimuli, much space is surely needed.

Ninety percent of cells that can be found on and inside the human body aren't his own but microorganisms. Fortunately they weigh only a half up to one kilogram. Their assemblage is known as human flora. Depending on the organism, one of them can be a place holder against real health threatening germs or another one can hold actual ability like vitamin K production.

Some abilities can't be simply or sufficiently integrated into an organism but the ability or its product can be received from a symbiont.

So, it seems likely to enlist microorganisms for more sensory tasks and abilities which are actually alien to the human. For this reason, the Daodan needs to upgrade the microorganisms' genomes as well. Their totality is called microbiome.

Next, communication between the symbionts has to be ensured. A more or less standardized cell organelle might do the job by using messenger substances. Or it transmits different electromagnetic waves which existence doesn't seem too alien in comparison to the real bioelektric field of each living organism and wound give an explanation attempt of the Daodan glow. (Some metabolic waste products – which are released through the body surface together with perspiration – might become stimulated to glow by the field.)

For processing the received information, the Daodan might use an own “self-awareness”, mainly a kind of “bodyimage” formed by another organelle type inside every daodanized cell. The presence of such organelle in neurons opens the possibility for – how geyser coined it – “schizophrenia of the 3rd kind” but also Kerr's idea of a mental interface which allows influence on the Daodan's development by the host's personality.

If we want to know more about the decision making algorithms (and their physical structures) which calculates the mutations, we will need to ask Hasegawa. ;-)

Depending on the target – human Daodan genome, Daodan microbiome, both their epigenomes, or even organelle genomes (like mitochondrions and plastids have) – a few different “vectors” (e.g. viruses) need to be available to transport the mutation. (To ease further talk one might like to merge the genome names under one term like Daodan metagenome or even shorter daogenome.)

However, it's hard to believe that the Daodan could be able to come up with fitting mutations completely by its own. It seems more likely to me that it draws on “genetic building blocks” holding basis information for fast regeneration, resistances, different metabolisms, and so on.

Muro and Mai got implanted with prototypes, indeed, but after more than 15 years I think the Syndicate accomplished to developed a Daodan allowing its mass production. This second generation would be independent from the host's sex (XX / YX chromosomes) and metagenome's composition by providing level-zero stem cells. These can target any compatible symbiont cell and then do a “configuration” (whereby they dissolve the unnecessary genetic material) to become classic stem cells.

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Erklärungsversuch der biologischen Dimension

Endlich ein paar Zeilen „Techno-Gequatsche“, die eine solide Basis versprechen aber auch Raum für Interpretation lassen. Paradox-01 18:28, 9 July 2010 (UTC)


Die Daodan-Chrysalis (kurz: Daodan) produziert „passende Mutationen“. Denn nur so kann die gleiche Schadensquelle in Zukunft ausgeschlossen werden.

Also wird die Art des Schadens analysiert und somit benötigt die Daodan auch ein sensorisches System.

In der Natur entstand „höheres Leben“ – unter anderen Konzepten – Spezialisierung und Sozialisierung folgend. Sie finden Ausdruck einerseits in verschiedenen Zelltypen – daher mehrzelligen Organismen – und andererseits in den unterschiedlichsten Symbioseformen. Für einen hyperentwickelten Organismus ist es daher vorstellbar, dass er diese Konzepte verstärkt umsetzt.

Der Körper nimmt Schaden oder schädliche Einflüsse durch Reize wahr. Um alle Reizarten detektieren zu können, ist sicherlich viel Platz nötig.

Neunzig Prozent aller Zellen, die man an und im menschlichen Körper finden kann, sind nicht seine eigenen aber die von Mikroorganismen. Diese werden in ihrer Gesamtheit Normalflora genannt. Abhängig vom jeweiligen Mikroorganismus kann er beispielsweise „Platzbesetzer“ gegenüber einem wirklich schädlichen Keim sein oder er kann ein echte Fähigkeit haben wie die Produktion von Vitamin K.

Manche Fähigkeiten lassen sich nicht so einfach oder nur unzureichend in einen Organismus integrieren. Die Fähigkeit oder ihr Produkt kann aber durch einen Symbiosepartner geliefert werden.

Es ist also naheliegend die Mikroorganismen für weitere Sensorik und eigentlich humanfremde Fähigkeiten heranzuziehen. Aus diesem Grund muss die Daodan auch die Genome der Mikroorganismen, zusammengefasst Mikrobiom genannt, aufrüsten.

Als nächstes muss Kommunikation zwischen den Symbiosepartner sichergestellt werden. Ein mehr oder weniger standardisiertes Zellorganell in jeder Daodanzelle könnte vielleicht über Botenstoffe dem Rechnung tragen. Oder es sendet verschiedene elektromagnetische Wellen aus, deren Existenz gegenüber dem bioelektrischen Feld eines jeden lebenden Organismus als nicht zu weit hergeholt erscheinen mag und ein Erklärungsansatz für die Daodan-Aura bieten würde. (Einige Stoffwechselabfallprodukte, die über die Haut mit dem Schweiß abgegeben werden, könnten in dem Feld zum leuchten angeregt werden.)

Bei der Verarbeitung der Informationen könnte sich die Daodan einem eigenen „Selbstbewusstsein“ bedienen. Dies wäre zum großem Teil eine Art Körperschema, welches sich durch einen weiteren Zellorganelltyp manifestiert. Die Präsenz dieses zweiten Organells in Neuronen ließe die Möglichkeit einer – wie geyser es nannte - „Schizophrenie der 3ten Art“ zu aber auch Kerr's Idee einer mentalen Schnittstelle und somit Einflussnahme auf die Entwicklung der Daodan durch die Persönlichkeit des menschlichen Wirts.

Für die genauen Entscheidungsalgorithmen und ihrer physischen Strukturen zur Mutationsfindung müssten wir wohl Hasegawa fragen. ;-)

Abhängig vom Ziel – menschliches Daodan-Genom, Daodan-Mikrobiom, ihrer beider Epigenome, oder sogar Organell-Genome (wie Mitochondrien und Plastiden sie haben) – müssen ein paar unterschiedliche „Vektoren“ (unter anderem Viren) verfügbar sein um die Mutation zu transportieren. (Um Diskussionen zu vereinfachen, mag man vielleicht die Gesamtheit der involvierten Genome unter einem Begriff zusammenfassen wie Daodan-Metagenom oder kurz Daogenom.)

Trotzdem ist es schwer zu glauben, dass die Daodan vollkommen alleine im Stande wäre passende Mutationen zu erzeugen. Es ist vielleicht glaubwürdiger, wenn die Daodan auf „genetische Bausteine“ zurückgreift, die Basisinformationen für schnelle Regeneration, Resistenzen, unterschiedliche Stoffwechsel, und so weiter enthalten.

Muro und Mai wurden Prototypen implantiert, richtig, aber nach mehr als 15 Jahren glaube ich, dass das Syndikat es schafft eine Daodan für die Massenproduktion zu entwickeln. Diese zweite Generation würde durch sogenannte Level-Null-Stammzellen unabhängig vom Geschlecht des Wirts und der Zusammensetzung des mikrobischen Metagenoms sein. Diese Zellen würden jede kompatible Symbiontenzelle zum Ziel haben und nach einer „Konfiguration“ (in welcher sie überflüssiges genetisches Material auflösen) zu klassischen Stammzellen werden.">


Natural reproduction of human hosts

Iritscen's post on the OCF initiated me to think about following problem.

At new environmental conditions, randomly evolved traits helps members of a population to survive. The survivors then ensure the population's continuity by their reproduction.

The Daodan reacts directly on environmental influences and probably – or largely – doesn't know anymore randomness. Therefor it's uncertain if the Daodan can manage or allow random recombination of genetic material during the sexual reproduction of Daodan hosts. For the Daodan, there's actually no more necessity for recombination.

So, if no recombination happens, female gamete (egg cells) might become produced with or without genetic material whereby only empty egg cell can accept a male gamete. In any case, the chromosome set is already diploid which means that baby is a genetic clone of one of it's parents. (But you know, the personality is still shaped to a major degree by environment and education.) Contact of male hormones with female gamete (cell nucleus must be presented) marks the cell as fertilized. Implantation and embryonic development follows. The passing on of microbial Daodan symbionts happens during child's birth (...) and by intake of breast milk. (Bifidobacteria can be taken as kind of RL example).

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Natürliche Fortpflanzung von menschlichen Wirten

Iritscen's Beitrag im OCF ließ mich über folgendes Problem nachdenken.

Zufällig hervorgebrachte Merkmale helfen Mitglieder einer Population bei neuen Umweltbedingungen zu überleben. Die Überlebenden sichern den Fortbestand der Population.

Die Daodan reagiert direkt auf Umwelteinflüsse und kennt wahrscheinlich – oder zum großen Teil – keine Zufälligkeiten mehr. Bei der sexuellen Fortpflanzung von Daodan-Trägern ist es daher ungewiss ob die Daodan mit der Rekombination des Erbguts zurechtkommt oder dies zumindest zulässt. Es besteht für die Rekombination eigentlich keine Notwendigkeit mehr.

Wenn keine Rekombination stattfindet, könnten vielleicht weibliche Gameten (Eizellen) mit und ohne Erbgut entstehen, wobei nur die weibliche Gameten ohne Erbgut ein männlichen Gamet aufnehmen. Die Gameten sind also zu Beginn schon diploid. (Sie haben einen doppelten Chromosomensatz, der für gesunde Menschen erforderlich ist). Der Kontakt von männlichen Hormonen qualifiziert die Eizelle zur „Zygote“; es hat also jetzt den Status „befruchtet“. Nidation und embryonelle Entwickung folgt. Die Weitergabe mikrobiellen Daodan-Symbionten findet bei der Geburt statt (...) und mit der Aufnahme in der Muttermilch. (Die Weitergabe von Bifidobakterien könnte man als eine Art Beispiel aus dem echten Leben nennen.)">


Multiple Imago stages

(Some text that might be from a researcher's diary.)
Some part of the Daodan's code aren't fully understood yet. This and the "Chrysalis group" posited hyperevolution makes us believe slowly that the Imago stage isn't the "end". Of course new environmental catastrophes can mean a threat to imagos so also a new transformation would be necessary. In that aspect we think that these cycles aren't limited. However, it would be an disadvantage to lose a fully developed adaption if situation change back then. A storage system might be involved.
A candidate for that matter are pseudogenes which means inactive genes. Thus a gene can forced to become a pseudogene while 'replaced' by a new adapted one. Later "Dual Drive" checks if an older cycle should be rolled back (making the current gene inactive and reactivating the other one).
An genetic overload cannot be excluded. But that must be solved by future researchers. Our visionary colleague Dr. Sandström (in memory of ReGenesis) points to something he calls "networked Omega-Chimäre" which makes use of advanced nanotechnology.

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Multiple Imago-Stadien

(Ein paar Zeilen, die aus einem Tagebuch eines GV-Wissenschaftler stammen könnten.)
Einige Stellen des Daodan-Codes sind noch nicht vollständig verstanden. Dies und die Hyperevolutionstheorie der „Chrysalis-Gruppe“ lässt uns vermuten, dass das Imago-Stadium nicht das Ende ist. Natürlich können neue (von ihrer Art her andere) Umweltkatastrophen eine Gefahr für den Imago darstellen. Also würde wieder eine Metamorphose notwendig sein. Aus diesem Grund glauben wir nicht, dass die Metamorphose nur einmal stattfindet.
Auch wäre es unvorteilhaft einen vollständig angepasste Zustandsform zu verlieren wenn dann die Situation plötzlich wieder in alte Bedingungen annimmt. Anpassungen zu suchen, benötigt Zeit. Bereits erfahrende Anpassungen wieder aufzurufen, würden die Überlebenschancen des Imago weiter steigern. Ein Speichersystem könnte sich also noch im Code verstecken.
Auf neuen Planeten und im Weltraum wäre dies dem Imago sicher hilfreich da er dort großen Temperaturschwankungen ausgesetzt ist wenn ihn der Raumanzug aus irgendwelchen Gründen nicht mehr schützen kann.
Eine Komponente eines Speichersystems könnten Pseudogene darstellen. Es sind ehemalige Gene, die nicht länger exprimiert werden können. Die Daodan könnte ein Gen zu einem Pseudogen umwandeln und gleichzeitig einen funktionierenden Ersatz einbringen. Wenn eine weitere Metamorphose notwendig wird, prüft der „Dual Drive“ ob eine ältere Anpassung, die in den Pseudogenen archiviert wurde, wiederhergestellt werden kann um den Zeitaufwand für die erneute Mutationsfindung einzusparen.
Dass die wachsende Größe das Genom irgendwann überlastet, kann nicht ausgeschlossen werden. Unser visionärer Kollege Dr. Sandström meint, dass dann der Komplex Mensch-Daodan weiterentwickelt werden müsste. Er nennt als ein mögliches Zukunftsmodell „die vernetzte Omega-Chimäre“. Die Archivierung alter Anpassungen würde dann computertechnisch erfolgen.">


Static metamorphosis

(Some text that might be from a researcher's diary.)
The name still bugs us.
All skills aside, also the Daodan is bounded to the laws of nature, it's not almighty. Extreme changes of the body in a short time probably requires a static state.
In that aspect we might translate the full name "Daodan Chrysalis" as "code allowing metamorphoses to reach new states, each best-adapted to the new present environmental conditions" whereas "Chrysalis" could be also almost literally taken as "Chrysalis" [pupal stage of butterflies]. In this case we think it's some biological material at the body's outside to provides shelter and stability so a major metamorphosis can take place.
We think that this second ability might exist still hidden inside the code. Single, fast adaptions have been reported; the existence of complete, static transformations still needs to become proofed.

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Statische Metamorphose

(Ein paar Zeilen, die aus einem Tagebuch eines GV-Wissenschaftler stammen könnten.)
Der Name gibt uns immer noch zu denken.
Trotz allen Fähigkeiten ist auch die Daodan an die Naturgesetze gebunden und nicht allmächtig. Extreme Umbauten des Körper in kurzer Zeit benötigen wahrscheinlich einen Ruhezustand.
Bis jetzt übersetzen wir den vollen Namen "Daodan-Chrysalis" als "Code, der Metamorphosen erlaubt um neue Zustände zu erreichen, die jeweils am besten an die dann vorherrschenden Umweltbedingungen angepasst sind".
Wegen der wahrscheinlich Ruhephase könnte "Chrysalis" vielleicht auch wortwörtlich verstanden werden sofern die Metamorphose ein biologisches Material aus Gründen der Stabilität und des Schutzes um die Körperoberfläche schafft.
Wir denken, dass sich diese zweite Fähigkeit noch im unverstandenen Code verstecken könnte. Einzelne, schnelle Anpassungen wurden beobachtet. Die Existenz von tiefgreifenden, Ruhe benötigen Metamorphosen will noch gefunden werden.">


Contamination of the ecosystem

The idea of human flora being part of the Daodan might mean a slow contamination of the ecosystem.

Short term threats: local balance breaks.
Long term threat: integration of Daodan's genetic material into parasites, germs, etc.
A unprobable long term chance: symbiosis at planetary scale - "Gaia".

(To be continued.)


Future upgrades

I don't think this will happen in RS but later sequels. It's better to write it down than forgetting it again during time.

  • telomere regeneration: which allows biological immortality (overpopulation problem appears)
  • cyborg genes: construction genes which takes care of implants -- nothing special in comparison to our human growth genes -> Omega-Chimäre
  • memory chromosome: nanoscanner collect position and properties of neurons and other relevant stuff and code these information into a new chromosome


Omega-Chimäre
  • Omega-Chimäres can make use of external memory storage for different Imago stages and also knowledge.
  • Long-range objective is to create a collective consciousness (via network) called Daimon.


Symbiosis

This section is meant to show what real symbiosis are capable of doing. (to be continued)

Fungus and plant

More than 400 million years of evolution and some plants still can't make it on their own: plant stress tolerance via fungal symbiosis

All plants in natural ecosystems are thought to be symbiotic with mycorrhizal and/or endophytic fungi. Collectively, these fungi express different symbiotic lifestyles ranging from parasitism to mutualism. Analysis of Colletotrichum species indicates that individual isolates can express either parasitic or mutualistic lifestyles depending on the host genotype colonized. The endophyte colonization pattern and lifestyle expression indicate that plants can be discerned as either disease, non-disease, or non-hosts. Fitness benefits conferred by fungi expressing mutualistic lifestyles include biotic and abiotic stress tolerance, growth enhancement, and increased reproductive success. Analysis of plant–endophyte associations in high stress habitats revealed that at least some fungal endophytes confer habitat-specific stress tolerance to host plants. Without the habitat-adapted fungal endophytes, the plants are unable to survive in their native habitats. Moreover, the endophytes have a broad host range encompassing both monocots and eudicots, and confer habitat-specific stress tolerance to both plant groups.

source: http://jxb.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/59/5/1109

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Mehr als 400 Millionen Jahre Evolution und manche Pflanzen können immer noch nicht alleine auskommen: Stressresistenz von Pflanzen via Pilzsymbiose

Es wird angenommen, dass alle Pflanzen in natürlichen Ökosystemen Symbiosen mit Mykorrhizapilzen und/oder endophytischen Pilzen eingehen. In Anwesenheit der Pflanze entfalten diese Pilze symbiotische Lebensstile von Parasitismus bis Mutualismus. Die Analyse von Glomerella(Colletotrichum)-Arten zeigt, dass einzelne isolierte Pilze entweder parasitäre oder mutuale Lebensstile entfalten können, abhängig von dem besiedelten Genotyp des Wirts. Das endophyte Besiedlungsmuster und die Ausprägung des Lebensstils zeigen, dass Pflanzen entweder als krank, nicht-krank oder Nicht-Wirt wahrgenommen werden können. Von Pilzen übertragende Fitness-Profite bringen mutuale Lebensstile zum Ausdruck, was biotische und abiotische Stresstoleranz, Wachstumsverstärkung, und erhöhte Fortpflanzungschancen mit einschließt. Die Analyse von innerpflanzlichen Gemeinschaften in hochbelastenden Lebensräumen offenbart, dass zumindest manche endophyte Pilze lebensraumspezifische Stresstoleranz den Wirtspflanzen verleihen. Diese Pflanzen wären ohne die lebensraumangepassten endophytische Pilze nicht im Stande in ihren natürlichen Lebensraumen zu überleben. Außerdem haben die Endophyten eine breite Wirtsauswahl, die sowohl einkeimblättrigen als auch dreifurchenpollen-zweikeimblättrige Pflanzen umfasst, also lebensraumspezifische Stresstoleranz auf beide Pflanzengruppen überträgt.">


Virus, fungus and plant

A Virus in a Fungus in a Plant: Three-Way Symbiosis Required for Thermal Tolerance

A mutualistic association between a fungal endophyte and a tropical panic grass allows both organisms to grow at high soil temperatures. We characterized a virus from this fungus that is involved in the mutualistic interaction. Fungal isolates cured of the virus are unable to confer heat tolerance, but heat tolerance is restored after the virus is reintroduced. The virus-infected fungus confers heat tolerance not only to its native monocot host but also to a eudicot host, which suggests that the underlying mechanism involves pathways conserved between these two groups of plants.

source:
- http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/315/5811/513
- http://www.rcn.montana.edu/pubs/pdf/2007/science%202007.pdf

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Ein Virus in einem Pilz in einer Pflanze: Drei-Wege-Symbiose benötigt für Hitzetoleranz

Eine mutuale Gemeinschaft von einem endophytischen Pilz und einer tropischen Rutenhirse (Panicum virgatum) erlaubt beiden Organismen bei hohen Bodentemperaturen zu wachsen. Wir charakterisierten ein Virus von diesem Pilz, der an der mutualen Interaktion beteiligt ist. Isolierte Pilze, die vom Virus geheilt wurden, waren unfähig Hitzetoleranz zu übertragen, jedoch wurde die Hitzetoleranz nach der Rückeinführung des Virus wiederhergestellt. Der virusinfizierte Pilz übertrug Hitzetoleranz nicht nur an seinen natürlichen einkeimblättrige Wirt sondern auch an ein dreifurchenpollen-zweikeimblättrigen Wirt, was nahelegt, dass die zugrundeliegenden Mechanismen zwischen den beiden Pflanzengruppen zu finden sind.">


Heavy weapons

( http://www.g-o.de/wissen-aktuell-8091-2008-04-15.html )